Clan Uzumaki dahulu dianggap sebagai salah satu clan yang disegani, karena kemampuan anggota clan tersebut dalam menggunakan segel ninja menjadikan clan ini incaran para ninja yang ingin menghancurkannya. Desa clan Uzumaki berhasil diserang dan dihancurkan, menurut ibu Naruto, Kushina Uzumaki, para anggota clan yang tersisa saling berpencar dan menyelamatkan hidup mereka masing-masing.
Mungkin itu pula yang menjadikan alasan Nagato adalah seorang Uzumaki. Orang tua Nagato adalah keturunan clan Uzumaki yang lari menyelamatkan diri ketika terjadi penyerangan terhadap desa mereka. Apa yang menjadi keunikan clan Uzumaki? Madara berkata ketika dia melihat mayat Nagato, bahwa rambut Nagato yang berwarna merah membuktikan bahwa dia adalah keturunan clan Uzumaki. Naruto sendiri tidak berambut merah, tetapi sang ibu berkata dia lebih senang Naruto mempunyai warna rambut yang tidak seperti dirinya yang berwarna merah. Jika berambut merah adalah keturunan Uzumaki, apakah berarti Karin juga keturunan Uzumaki? Hanya Kishimoto yang punya jawaban.